Jóhannes Þór tók þátt í starfi InDefence hópsins svokallaða, sem barðist gegn Icesave-samningunum, frá bankahruni og fram í febrúar 2011. Þá tók hann við starfi aðstoðarmanns þáverandi formanns Framsóknarflokksins, Sigmundar Davíðs Gunnlaugssonar, sem þá var í stjórnarandstöðu. Eftir að Sigmundur Davíð varð forsætisráðherra eftir kosningarnar 2013 varð Jóhannes Þór aðstoðarmaður hans í forsætisráðuneytið og helsti ræðuhöfundur. Því starfi gegndi Jóhannes Þór þar til að Sigmundur Davíð sagði af sér embætti í apríl 2016 vegna Wintris-málsins.
Jóhannes Þór hefur tekið undir á skoðun Sigmundar Davíðs að hann hafi verið leiddur í gildru af óheiðarlegum fjölmiðlamönnum í því máli. Í ágúst 2016 skrifaði hann um samskipti sín við Jóhannes Kr. Kristjánsson og sænska ríkisútvarpið SVT á heimasíðu sína og sagði að hann hefði „aldrei, aldrei, kynnst viðlíka óheiðarleika, virðingarleysi og lygum af hálfu fjölmiðlamanna gagnvart viðmælendum eða starfsfólki eins og SVT og Jóhannes Kristjánsson sýndu af sér í þessu tilfelli. Satt að segja á ég erfitt með að finna annað eins dæmi í lífi mínu almennt um fólk sem hefur sýnt af sér hegðun sem kemst í hálfkvisti við þetta.“
Jóhannes Þór starfaði áfram sem aðstoðarmaður formanns Framsóknarflokksins þar til að Sigmundur Davíð tapaði formannskosningu í flokknum í byrjun október 2016.
