„Eins og líkaminn væri vígvöllur“

Það er varla annað hægt en að bera óttablandna virðingu fyrir lífveru sem hefur eignast tugmilljónir afkomenda um allan heim á nokkrum mánuðum, segir mannerfðafræðingurinn Agnar Helgason sem sjálfur smitaðist og hefur teiknað upp ættartré veirunnar.

Stækkuð og lituð mynd af frumu (bleikur litur) sem er verulega sýkt af SARS-CoV-2 veirunni (grænn litur).
Stækkuð og lituð mynd af frumu (bleikur litur) sem er verulega sýkt af SARS-CoV-2 veirunni (grænn litur).
Auglýsing

Það er varla annað hægt en að bera ótta­blandna virð­ingu fyrir líf­veru sem hefur eign­ast tug­millj­ónir afkom­enda um allan heim á aðeins nokkrum mán­uð­um, segir mann­erfða­fræð­ing­ur­inn Agnar Helga­son sem sjálfur smit­að­ist af COVID-19 og hefur nú teiknað upp ætt­ar­tré veirunnar sem hann sýkt­ist af. 

Þegar Agnar Helga­son, mann­erfða­fræð­ingur hjá Íslenskri erfða­grein­ingu (ÍE) fór ásamt fjórum öðrum í skíða­ferð til Selva á Ítalíu í lok febr­úar voru farnar að ber­ast fréttir af far­aldr­inum í land­inu en skíða­svæðin voru enn ekki skil­greind sem hættu­svæði. „En síðan kom í ljós að veiran var grass­er­andi á þessum svæðum og víðar á Ítal­íu,“ sagði Agnar í erindi sínu um ætt­ar­tré og ferða­lag veirunnar á fræðslu­fundi ÍE í gær. Hann hóf erindið á per­sónu­legum nótum og sagði frá því hvernig hann sjálfur smit­að­ist, veikt­ist og var í ein­angrun í heilan mánuð eftir heim­kom­una. 

Auglýsing

Þegar hópur Agn­ars kom á skíða­svæðið í Selva var eng­inn þar að hugsa um veiruna. „Það var eng­inn að spritta sig eins og við fimm gerðum mikið og þóttum dálítið und­ar­leg.“

En eftir því sem leið á vik­una tók Agnar eftir því að fólk varð stress­aðra. Ákveðið var að helm­inga fjölda þeirra sem mátti fara í skíða­lyft­urnar og telur Agnar það hafi ein­göngu verið gert vegna þess að skila­boð höfðu borist frá Íslandi um fólk sem komið hefði með veiruna heim eftir dvöl í Selva. Nokkrum dögum eftir að Agnar og hóp­ur­inn fór heim var hót­el­inu sem þau höfðu gist á lokað og skíða­svæð­inu öllu svo fljót­lega í kjöl­far­ið. „Þetta var eins og að vera í miðri spennu­sög­u,“ rifj­aði Agnar upp.

Agnar Helgason er mannerfðafræðingur hjá Íslenskri erfðagreiningu. Mynd: Íslensk erfðagreining

Agnar og ferða­fé­lagar hans flugu heim til Íslands í gegnum München þann 8. mars. Hann var þá orð­inn nokkuð óró­legur enda mikil umræða um smit á skíða­svæð­un­um. Hann var ekki með nein alvar­leg ein­kenni en fann þó fyrir óþæg­indum í háls­inum og hugs­aði: „Kannski hef ég smit­ast.“

Þegar hóp­ur­inn lenti á Íslandi fór hann beint í sótt­kví enda reglur þar um komnar til sög­unn­ar. Búið var að skil­greina skíða­svæðin á Ítalíu og í Aust­ur­ríki sem hættu­svæði.

Skömmu eftir heim­kom­una eða þann 13. mars fór Agnar að finna fyrir meiri ein­kenn­um. Hann fékk meðal ann­ars hita og höf­uð­verk og var slappur í um mán­uð.  Allan þann tíma var hann í ein­angrun heima hjá sér. Agnar varð ekki alvar­lega veik­ur, hann fékk ekki ein­kenni niður í lungu og fann ekki fyrir andnauð. „Ég held að ég geti sagt að ég hef fengið verri ein­kenni þegar ég hef verið með flensu en ég get líka sagt að þetta er skrítn­asta pest sem ég hef feng­ið. Ein­kennin voru fjöl­breytt. Þetta var eins og lík­am­inn væri víg­völlur og að stríðið hafi færst til yfir tíma.“

Agnar fékk meðal ann­ars verk í maga, verk og þrýst­ing í enn­is­holur og missti þef­skyn­ið. Allt eru þetta ein­kenni sem hann hafði ekki upp­lifað áður.

Ekk­ert sér­stak­lega flókin veira

Þrátt fyrir veik­indin sat Agnar ekki auðum höndum í ein­angr­un­inni. Byrjað var að rað­greina veiruna hér á landi sem og á nokkrum öðrum stöðum í heim­in­um. „Ég hugs­aði: Þessi veira er ekk­ert sér­stak­lega flókin í raun og veru.“

Veirur eru að sögn Agn­ars „eins­konar líf­ver­ur“ þó að menn deili um þá skil­grein­ingu. Frá erfða­fræði­legu sjón­ar­horni sé hægt að flokka nýju kór­ónu­veiruna sem líf­veru þar sem hún hefur sitt eigið erfða­efni.

Það erfða­efni er ekki „mjög langt og því til­tölu­lega auð­velt að vinna úr því þegar maður er kom­inn eð rað­irn­ar,“ sagði Agn­ar. Hann hafði reynslu af því að byggja ætt­ar­tré úr erfða­efni fólks og þar sem hann var fastur í ein­angrun og hafði lítið við að vera ákvað hann að fara að skoða veir­urnar sem hefðu verið rað­greind­ar. Gögnin sótti hann til að byrja með úr alþjóð­leg­um  gagna­grunni og síðan hófu að ber­ast raðir úr veirum sem greinst höfðu hér á land­i. 

SARS-CoV-2 er í raun ekkert sérstaklega flókin. Hún ber í sér uppskrift af erfðaefni sem kann að breytast á milli manna vegna stökkbreytinga. Mynd: EPA

Agnar hefur ekki hug­mynd um hvar hann nákvæm­lega smit­að­ist. „Kannski var þá á hlað­borði á hót­el­inu þegar ég tók um eitt­hvað áhald sem ein­hver smit­aður hafði snert. Kannski var það í skíða­lyftu þar sem ein­hver hóstaði og það voru dropar í loft­inu. Ég hef ekki hug­mynd um það. En ég held að það sé alveg öruggt að ég smit­að­ist á Ítal­íu.“

Ein­hver í Selva smit­aði Agn­ar. Og mögu­lega smit­að­ist sá ein­stak­lingur af ein­hverjum öðrum í Selva eða ann­ars staðar á Ítalíu og þannig koll af kolli. „Það verður til keðja af smitum sem færa veiruna frá ein­stak­lingi til ein­stak­lings.“ 

Og milli landa. 

Vitað er að veiran á upp­tök sín í kín­versku borg­inni Wuh­an. Frá Kína barst veiran svo í lík­ama ein­hvers og hafði mögu­lega farið á milli 6-7 manna er hún tók sér loks ból­stað í Agn­ari.

Agnar telur að sjálfur hafi hann engan smit­að, ekki einu sinni kon­una sína sem var þó í sótt­kví undir sama þaki fyrstu vik­una eftir kom­una frá Ítal­íu. 

Nýja kór­ónu­veiran er ekki flók­in. Hún er byggð úr fjórum bygg­ing­ar­prótein­um, fitu­efnum og tæp­lega 30 þús­und kirna RNA sam­eind. Í RNA sam­eind­inni er geymd upp­skrift að 29 próteinum sem veiran notar bæði sem bygg­ing­ar­ein­ingar en líka sem „vopn í lífs­bar­áttu sinni þegar hún fer inn í frumur [fólks], sýkir þær og nýtir til að fjöl­falda sjálfa sig og síðan kom­ast í aðrar frum­ur“.

En hvernig er hægt að kort­leggja ferðir veirunnar um heim­inn og búa til ætt­ar­tré hennar eins og Agnar og aðrir starfs­menn ÍE hafa nú gert?

Það er hægt því að erfða­upp­skriftin sem veiran geymir breyt­ist með tím­an­um. 

Agnar (í horninu til hægri) útskýrir hvernig veiran smitaðist og hvernig hún stökkbreyttist.

En förum fyrst aftur í tím­ann, til des­em­ber í fyrra.

Talið er að veiran hafi upp­haf­lega komið úr leð­ur­blöku. Einnig er talið að leð­ur­blakan hafi smitað eitt­hvað annað dýr, milli­hýsil, áður en hún fór að smit­ast í menn. „Það er ein­hver maður eða kona í Kína sem er fyrsti ein­stak­ling­ur­inn sem fær smit af þess­ari kór­ónu­veiru. Sá ein­stak­lingur smitar svo þann næsta.“

Nýja kór­ónu­veiran kemst inn í lík­amann um munn, nef og augu. Það eru ekki margar veirur sem þurfa að kom­ast þá leið­ina inn í lík­amann. Ein­hverjar þeirra ná svo að koma sér inn í frum­ur, „og svo taka þær að ein­hverju leyti yfir starf­semi frumunnar og nýta frumuna til að búa til fullt af ein­tökum af sjálfum sér.“

 Tugir þús­unda ein­taka af veirunni verða til inni í einni frumu. Síðan fara þær út úr frumunni og smita aðrar frumur og þar verða líka til tugir­þús­unda ein­taka til við­bót­ar. „Þannig að á til­tölu­lega stuttum tíma gætu orðið til hund­ruð millj­ónir ein­taka af veirunni í lík­am­an­um,“ útskýrir Agn­ar. Í því ferli þarf veiran að afrita erfða­efni sitt, upp­skrift­ina. Og þessi afritun er ekki alltaf full­kom­in. „Það getur verið að það verði til afrit­un­ar­villur eða það sem við köllum stökk­breyt­ingar í erfða­upp­skrift veirunn­ar. Og ef að það ger­ist snemma í ferl­inu, nálægt þeim tíma sem smitið verð­ur, þá geta allar veirur ein­stak­lings­ins verið með þessa stökk­breyt­ing­u.“

Auglýsing

Þegar ein­stak­lingur með stökk­breytta útgáfu veirunnar smitar aðra er það því breytt veira sem smit­ast. Út frá hverjum ein­stak­lingi liggja því smit­keðjur og í hverju smiti geta átt sér stað stökk­breyt­ing­ar. „Stökk­breyt­ing­arnar skrá­setja, á vissan hátt, upp­lýs­ingar um ætt­fræði­legan skyld­leika veiranna, skrá í raun ætt­ar­tré henn­ar,“ segir Agn­ar. „Þannig að þegar við rað­greinum veir­urn­ar, skoðum ólíka stofna sem finn­ast hér og þar um heim­inn þá getum við end­ur­skapað ætt­ar­tré hennar og áttað okkur á því hvað hún er að þró­ast mikið og hvaða ætt­leggir hennar eru hvar og svo fram­veg­is. 

Um 5,7 millj­ónir stað­fest til­felli af COVID-19 hafa greinst í heim­in­um. En að öllum lík­indum er sá fjöldi sem hefur smit­ast marg­falt meiri, segir Agn­ar. Fyrsta smitið átti sér lík­lega stað snemma í des­em­ber á síð­asta ári en „núna eru tugir millj­óna ein­stak­linga sem hafa smit­ast af þess­ari veiru,“ segir Agn­ar. „En það var ein veira, eða nokkrar veir­ur, sem smit­uðu fyrsta ein­stak­ling­inn. Þær eiga afkom­endur í tugum millj­óna manna. Og þetta hefur bara tekið nokkra mán­uði. Þetta er eig­in­lega magnað að hugsa til þess hvað veirunni hefur gengið vel. Maður verður eig­in­lega að bera ótta­blandna virð­ingu fyrir líf­veru eins og þess­ari. En á sama tíma er þetta aga­legur sjúk­dómur sem hefur dregið mjög marga til dauða. Þannig að það er okkar helsta mark­mið að reyna að hefta útbreiðslu hennar eins og við get­u­m.“

Til vinstri sést ættartré veirunnar í lok desember og til hægri hvernig það var orðið í byrjun apríl.

Agnar sýndi því næst ætt­ar­tré veirunnar við árs­lok 2019 ann­ars vegar og í apríl hins veg­ar. Við lok síð­asta árs var breyti­leiki hennar ekki mik­ill.  En í apríl var það orðið stórt og mik­ið, heilu ætt­leggirnir höfðu orðið til og þeir teygðu sig um allan heim.

Þegar land­fræði­leg dreif­ing hinna ólíku ætt­leggja er skoðuð kemur í ljós að smit sem bár­ust til Íslands komu frá nokkrum stöðum í heim­in­um. Í upp­hafi komu flest smit til Íslands frá skíða­svæðum í Ölp­unum en úr ólíkum ætt­leggjum veirunnar eftir því hvar fólk smit­að­ist. „Með okkar gögnum frá Íslandi getum við varpað ljósi á það hvaða ætt­leggir eiga upp­runa hvar og varpað ljósi á útbreiðslu, ekki bara á Íslandi heldur víð­ar.“

Aðrir ætt­leggir veirunn­ar, svo dæmi sé tek­ið, „laum­uð­ust“ hingað frá Bret­landi áður en það var skil­greint sem hættu­svæð­i. 

New York-veiran rakin til Aust­ur­ríkis

Veiran náði mik­illi útbreiðslu í New York nokkru eftir að far­aldrar brut­ust út í löndum á borð við Ítalíu og Aust­ur­ríki. Gögn Íslenskrar erfða­grein­ingar sýna að sú gerð sem þar varð útbreidd­ust kom frá Evr­ópu, nánar til­tekið Aust­ur­ríki. „Týpan sem breidd­ist út um New York og þaðan til ann­arra borga Banda­ríkj­anna er sú sama og kom hingað til lands frá Aust­ur­rík­i,“ bendir Agnar á.

Með rann­sóknum hefur verið hægt að sýna fram á hvað margar stökk­breyt­ingar hafa orðið á milli rótar veirunnar og ein­stakra ætt­leggja frá henni. Agnar segir að um hálf stökk­breyt­ing eigi sér stað á með­al­tali á viku eða um það bil 26 á ári. „Þessi veira er ekki að stökk­breyt­ast mjög hratt miðað við infú­ensu­veiru og aðrar veir­ur. En því meira sem hún fær að grass­era því meiri stökk­breyt­ingar ber hún og slíkar stökk­breyt­ingar geta nátt­úr­lega gert hana hættu­legri þannig að því fyrr sem við lokum hana af því betra.“



Ert þú í Kjarnasamfélaginu?

Kjarninn er opinn vefur en líflínan okkar eru frjáls framlög frá lesendum, Kjarnasamfélagið. Sú stoð undir reksturinn er okkur afar mikilvæg.

Með því að skrá þig í Kjarnasamfélagið gerir þú okkur kleift að halda áfram að vinna í þágu almennings og birta vandaðar fréttaskýringar, djúpar greiningar á efnahagsmálum og annað fréttatengt gæðaefni. 

Kjarninn hefur verið til taks fyrir kröfuharða lesendur undanfarin sjö ár og við ætlum okkur að standa vaktina áfram. 

Fyrir þá sem nú þegar eru stoltir styrkjendur Kjarnans þá leyfum við okkur að benda á að hægt er að óska eftir að hækka mánaðarlega framlagið með því að senda póst á takk@kjarninn.is


Já takk, ég vil styrkja Kjarnann!
Stytta af Leopold II í Brussel. Myndin var tekin þann 10. júní 2020.
Þræla- og framkvæmdakóngurinn
Í Tervuren skammt frá Brussel stendur glæsilegt hús. Innandyra má hinsvegar sjá átakanlega sögu um undirokun, þrældóm og grimmdarverk þjóðarleiðtoga sem einskis sveifst til að láta stórveldisdrauma sína rætast.
Kjarninn 5. júlí 2020
Hrina hópuppsagna í tengslum við COVID-19 faraldurinn virðist gengin niður
Stærst þeirra þriggja hópuppsagna sem áttu sér stað í júní er uppsögn PCC á Bakka sem sagði upp nálægt 85 manns af þeim tæplega 150 manns sem starfa hjá fyrirtækinu.
Kjarninn 4. júlí 2020
Tæplega 35 þúsund hafa látist af völdum COVID-19 á Ítalíu
Dánartíðni vegna COVID-19 hærri hjá ómenntuðum en menntuðum á Ítalíu
Kórónuveirufaraldurinn hefur leikið Ítalíu grátt en það var fyrsta Evrópulandið til að glíma við mikla útbreiðslu veirunnar. Í marsmánuði jókst munur á dánartíðni menntaðra og ómenntaðra þar í landi vegna veirunnar.
Kjarninn 4. júlí 2020
Áslaug Arna Sigurbjörnsdóttir dómsmálaráðherra skrifaði undir reglugerð um útlendinga sem tók gildi 15. júní.
Hægt að senda á brott útlendinga í „ólögmætri dvöl“ þrátt fyrir tilslökun gagnvart öðrum
Skortur á beinum flugum, flugsamgöngum til heimalands eða hár kostnaður við ferðalög eru ekki ástæður sem íslensk stjórnvöld taka gildar fyrir dvöl hérlendis án dvalarleyfis eða áritunar.
Kjarninn 4. júlí 2020
Flennistór mynd af þáttastjórnandanum Tucker Carlson á höfuðstöðvum Fox News.
„Tucker Carlson 2024?“
Áhrifamenn meðal repúblikana og íhaldssamir álitsgjafar í Bandaríkjunum telja raunhæft að Tucker Carlson, þáttastjórnandi á Fox News sem milljónir fylgjast með á hverju kvöldi, gæti náð langt ef hann kysi að fara í forsetaframboð árið 2024.
Kjarninn 4. júlí 2020
Ríkisstjórnin sem vill halda áfram, en mun mögulega ekki geta það
Stjórnmálaflokkarnir vega nú og meta hvenær þeir eru líklegir til að hámarka árangur sinn í kosningum. Og eru fyrir nokkuð löngu síðan farnir að máta sig í næstu ríkisstjórn. Þar virðast, eins og er, aðallega vera tveir skýrir valkostir á borðinu.
Kjarninn 4. júlí 2020
„Keyrt á sama fólkinu sem fær aldrei frídag“
Í nýrri skýrslu Rannsóknamiðstöðvar ferðamála um aðstæður erlends starfsfólks í ferðaþjónustu kemur margt varhugavert fram, m.a. að fólk þurfi að vinna margar vikur í röð og að vikulegur frídagur hafi ekki verið virtur.
Kjarninn 4. júlí 2020
Kortið sýnir útbreiðslu hita í hluta Síberíu 20. júní.
Hitamet staðfest á einum kaldasta stað jarðar
Hæsti hiti: 38°C. Lægsti hiti: -67,8°C. Mismunur: 105,8 gráður. Norðurslóðir eru að hlýna þrisvar sinnum hraðar en önnur svæði í heiminum. Hlýnunin er að eiga sér stað mörgum áratugum fyrr en spár gerðu ráð fyrir.
Kjarninn 3. júlí 2020
Meira úr sama flokkiInnlent