Ef suðurleiðin svokallaða, aðalvalkostur Vegagerðarinnar á veglínu að gangamunna Fjarðarheiðarganga um Hérað yrði farin myndi það valda „mjög miklu og óafturkræfu raski á gömlum og þéttum skógi“ sem nýtur verndar í náttúruverndarlögum og skal ekki raska nema að brýna nauðsyn beri til. Þrír valkostir, norðurleið, miðleið og suðurleið, eru metnir í umhverfismatsskýrslu Vegagerðarinnar og færu þeir allir um Egilsstaðaskóg og Egilsstaðakletta að einhverju leyti. Norðurleið og suðurleið færu einnig um stórt votlendi, sem nýtur sömu verndar og skógurinn.
Íslensk stjórnvöld stefna á aukna útbreiðslu birkiskóga, m.a. í samræmi við Parísarsamkomulagið.
Egilsstaðaskógur er víðáttumikið og uppvaxandi birkiskóglendi austan Egilsstaða og inn með Eyvindarárdal. Skógurinn er að miklum hluta gamall og sjálfsáður og er hann meðal stærstu skóga á landinu þar sem trén ná allt að 10 metra hæð.
Í Egilsstaðaskógi er auk þess stærsta útbreiðslusvæði villtrar blæaspar á landinu og þar er hún einnig hæst, eða um 8 metrar. Í skóginum vex einnig reyniviður og gulvíðir. Gróðurfar er sérstætt og þar vaxa sjaldgæfar plöntutegundir, m.a. mikill fjöldi fléttutegunda. Skógurinn er ennfremur vinsælt útivistarsvæði. Samkvæmt kortlagningu Skógræktarinnar er birkiskógurinn á öllum leiðum að mestu 30-60 ára gamall. Þó var hann allt að 60-100 ára gamall á afmörkuðum svæðum.
Mesta flatarmál birkiskóga og -kjarrs er að finna á suðurleið, næstmest á norðurleið og litlu minna á miðleið. Heildarlífmassi birkis á leið er minnstur á áhrifasvæði norðurleiðar, þar sem hann er um helmingi minni en á miðleið, en mesti lífmassinn er á suðurleið.
Framkvæmdir fælu í sér varanlega eyðingu á hluta skógarins. Vegagerðin áætlar að umfang röskunar gróinna svæða á suðurleið sé 193 hektarar. Á þeirri leið yrði raskað mestu umfangi birkiskóga, samtals 93,9 ha eða 49 prósent áhrifasvæðisins. Að sama skapi yrði þar raskað mestu umfangi votlendra svæða, samtals 34,3 ha eða 14 prósentum áhrifasvæðisins og einnig mestu af votlendum svæðum sem njóta verndar samkvæmt lögum vegna stærðar sinnar.
Náttúrufræðistofnun bendir á í umsögn sinni um umhverfismatsskýrslu Vegagerðarinnar að lagt hafi verið til að friðlýsa Egilsstaðaskóg á Náttúruverndaráætlun 2009-2013 en ekki hafi enn orðið af því. Hins vegar hafi nýverið tekið gildi friðlýsing æðplantna, mosa og fléttna og nokkrar plöntur, m.a. blæösp og þrjár fléttutegundir, sem heyra undir þessa friðlýsingu, finnast í Egilsstaðaskógi og innan áformaðs framkvæmdasvæðis vegarins.
Stofnunin segir að um langt skeið hafi verið bent á verndargildi birkiskóga í Egilsstaðaskógi, ekki síst vegna sjaldgæfra fléttutegunda sem vaxa á birkitrjám. „Ljóst er að sjaldgæfum fléttutegundum mun stafa ógn af þeirri vegagerð sem áætluð er í framkvæmdinni og það óháð mismunandi valkostum.“
Að mati Náttúrufræðistofnunar er mjög mikilvægt að stefnt sé að nákvæmari skoðun á fundarstöðum friðaðra fléttutegunda til að fullvissa sé um hver áhrif áætlaðrar vegagerðar verði.
Mesta rask á vistgerðum með hátt verndargildi er á aðalvalkostinum, suðurleið, þar sem hún mun bæði liggja um birkiskóga og stórt samfellt votlendi (Lambhúsamýri og Flóa). „Veglína suðurleiðar þverar votlendið mitt og því ljóst að raskið af því verður töluvert þótt aðeins lítill hluti sé innan framkvæmdasvæðisins,“ stendur í umsögn Náttúrufræðistofnunar. „Ljóst er að áhrif valkosta á gróðurfar eru neikvæðust á suðurleið í Héraði og þar yrði óafturkræft rask á vistgerðum með hátt verndargildi, votlendi og birkiskóg sem fellur undir ákvæði náttúruverndarlaga um sérstaka vernd sem og æðplöntu- og fléttutegundir sem eru á válista eða friðlýstar.“
Að mati stofnunarinnar er því „afar mikilvægt“ að lögð verði sérstök áhersla á mótvægisaðgerðir til að vega upp rask á vistgerðum með hátt verndargildi. Hvað varðar endurheimt birkiskóga sem hluta af mótvægisaðgerðum skuli horft til þess að nota birkiplöntur sem eiga erfðafræðilega uppruna úr Egilsstaðaskógi til að tryggja viðhald þeirra og að horft sé til endurheimtar birkiskóga í næsta nágrenni þar sem við eigi.
Náttúrufræðistofnun telur einnig að skoða mætti að styrkja náttúrulegan vöxt blæaspar í Egilsstaðaskógi í stað þeirra trjáplantna sem frá hverfa vegna framkvæmdarinnar jafnvel með tilfærslu trjáa.
Umhverfisstofnun fer í umsögn sinni yfir hvað felist í verndun vistkerfa, m.a. birkiskóganna, í lögum. Í greinargerð með frumvarpi til laga um náttúruvernd sé með orðalaginu „brýn nauðsyn“ lögð áhersla á að einungis mjög ríkir hagsmunir geti réttlætt röskun og þá fyrst og fremst brýnir almannahagsmunir.
Skógræktin vinnur nú að gerð rafræns gagnagrunnar yfir skóglendi sem falla undir 61. greinar laga um náttúruvernd. Í þeirri grein sé fjallað um vistkerfi sem njóta skuli sérstakrar verndar þar á meðal „sérstæðir eða vistfræðilega mikilvægir birkiskógar og leifar þeirra þar sem eru m.a. gömul tré“. Skógræktin segir í umsögn sinni um umhverfismatsskýrsluna að búið sé að staðfesta Egilsstaðaskóg sem gamlan, stóran samfelldan skóg. Auk þess sem skógurinn þyki merkilegur fyrir þær sakir að vera einn fárra náttúrulegra vaxtarstaða blæaspar á Íslandi. Skógræktin leggur „ríka áherslu á að forðast beri að raska vistfræðilega mikilvægum, gömlum birkiskógum“.
Stofnunin bendir á að endurheimt birkiskóga sé mikilvægt verkefni og í aðgerðaáætlun stjórnvalda í umhverfis- og loftslagsmálum gegni hún stóru hlutverki. Í nýjum lögum um skóga og skógrækt sé fjallað um vernd, endurheimt, umhirðu og nýtingu skóga. „Skógræktin hvetur leyfisveitendur og framkvæmdaaðila til þess að kynna sér þann kafla vel.“
Varanleg eyðing skóga er óheimil
Varanleg eyðing skóga að hluta eða í heild er óheimil samkvæmt lögum, bendir Skógræktin á. Sé varanleg hún óhjákvæmileg skuli tilkynna Skipulagsstofnun um fyrirhugaða framkvæmd í samræmi við ákvæði laga um mat á umhverfisáhrifum.
Komi til varanlegrar eyðingar skógar skal framkvæmdaaðili ráðast í mótvægisaðgerðir til að draga úr eða koma í veg fyrir neikvæð áhrif á umhverfið af eyðingu skógarins, með hliðsjón af markmiðum laga um skóga og skógrækt, svo sem með endurheimt náttúruskógar eða ræktun nýrra skóga.
Umhverfismatsskýrsla Vegagerðarinnar um veglínur að áformuðum Fjarðarheiðargöngum var auglýst til umsagna í sumar og er fresturinn útrunninn. Í næsta skrefi umhverfismatsins skilar Vegagerðin svörum við umsögnum, bregst við þeim ef þurfa þykir í endanlegri skýrslu sinni sem Skipulagsstofnun gefur svo álit sitt á.